2008/06/15

在 R 底下畫 boxplot ,並把他們合併



rm(list=ls())
#read the data
sg01auc <- read.table("data/sg01_auc", header=T)
sg02auc <- read.table("data/sg02_auc", header=T)
sg03auc <- read.table("data/sg03_auc", header=T)
sg04auc <- read.table("data/sg04_auc", header=T)
sg05auc <- read.table("data/sg05_auc", header=T)
sg01kappa <- read.table("data/sg01_kappa", header=T)
sg02kappa <- read.table("data/sg02_kappa", header=T)
sg03kappa <- read.table("data/sg03_kappa", header=T)
sg04kappa <- read.table("data/sg04_kappa", header=T)
sg05kappa <- read.table("data/sg05_kappa", header=T)
postscript(file="boxplotRDo-GAM.ps")
op <- par(mfrow= c(1,2))
boxplot(cbind(sg01auc, sg02auc, sg03auc, sg04auc, sg05auc),
col="lightblue", axes=F, main="AUC")
box()
axis(side=2)
axis(side=1, 1:5, cbind("sg01", "sg02", "sg03", "sg04", "sg05"))
boxplot(cbind(sg01kappa, sg02kappa, sg03kappa, sg04kappa, sg05kappa),
col="lightgreen", axes=F, main="Kappa")
box()
axis(side=4)
axis(side=1, 1:5, cbind("sg01", "sg02", "sg03", "sg04", "sg05"))
dev.off()




boxplotRDo-GAM

2008/03/29

楓林吊橋


d70-019986
Originally uploaded by mutolisp
去年被颱風弄斷了,至今尚未修復。
看來也很難再修好...

2008/02/22

2007/12/16

FreeBSD on Thinkpad X61

This is the installation note on my new thinkpad X61 box
(of course it runs FreeBSD)

安裝 FreeBSD:


注意!!:
請用 pxeboot,詳細的請使用 google 搜尋,如果用外接光碟機會有問題
(感謝 rafan 還有 #bsdchat 的長輩們)

  1. Xorg:
  2. Install following from ports or packages:
    x11-drivers/xf86-video-intel
    x11-drivers/xf86-input-keyboard
    x11-drivers/xf86-input-mouse

    (1) 滑鼠的部份

    以前只要設好 X 之後,設定 ZAxisMapping 即可,不知道為什麼後來變成要設定 emulatewheel 才行。
    Enable emulation mouse wheel (of trackpoint),在 Section
    "InputDevice" 的部份加入以下三行:

    Option "EmulateWheel" "true"
    Option "EmulateWheelTimeOut" "200"
    Option "EmulateWheelButton" "2"

    (2) 繪圖晶片組 Graphical chips: Intel 965GM / X3100:

    設定如下: (DRI 不知道為什麼無法動起來,大概是 driver 的關係吧)

    Section "Device"
    Identifier "Card0"
    Driver "intel"
    VendorName "Intel Corporation"
    BoardName "Mobile GM965/GL960 Integrated Graphics Controller"
    BusID "PCI:0:2:0"
    Option "DRI" "true"
    VideoRam 131072
    Option "XAANoOffscreenPixmaps" "true"
    EndSection


    (3) FreeBSD 7.0 之後,usbd 消失了,還沒有時間找為什麼,所以外接滑鼠
    沒有辦法動 orz
    現在用 moused 還有 devd 來控制,因為我照著 6.x 以前的來
    修改 /etc/devd.conf 當然會爛掉,所以照預設就可以正常使用外接的 usb 滑鼠了!

    (4) 外接螢幕或是單槍,用 xrandr(1) 就能夠正常投影輸出,不需要再設定什麼。


  3. acpi / 電源管理部份

  4. 這個部份很討厭, suspend / hibernation 一定不能正常 work
    廠商很奸詐,都把已經用硬體作動的東西弄成軟體控制。
    所以 Fn + volume 控制設定很麻煩

    (1) 螢幕亮度、聲音控制:

    在 /boot/loader.conf 中加入:

    acpi_ibm_load="YES"
    (不要啟用 acpi_video,要不然無法正常
    使用 fn+home/end 調整亮度)
    還有 /etc/sysctl.conf 中加入:

    dev.acpi_ibm.0.events=1

    然後用 google 找尋 acpi_oem_exec.sh 這個檔案
    (基本上就是用 devd 去控制),把他放入 binary 的路徑即可,但是聲音控制鍵無法正常運作,只有變成靜音或有聲音。
    (麻煩一點可以用 sysctl dev.acpi_ibm.0.volume 來控制)

    如果想要讓按 fn + combination 鍵的時候會顯示在螢幕上,可以安裝 deskutils/tpb

    (2) cpu 變頻

    只有 6 個 level:
    dev.cpu.0.freq_levels: 2183/-1 1910/-1 1637/-1 1364/-1 1091/-1 818/-1

    而且變頻的時候會ㄘㄘ叫....
    要啟用請用 powerd(8)



  5. 網路部份

  6. (1) 有線網路:
    預設就可以抓的到 em0 這張 intel 的網路卡:

    em0: port 0x1840-0x185f mem 0xfe000000-0xfe01ffff,0xfe025000-0xfe025fff irq 20 at device 25.0 on pci0

    但是有時會有延遲的現象,我在 /etc/sysctl.conf 加入以下:

    dev.em.0.rx_int_delay=0
    dev.em.0.tx_int_delay=0
    dev.em.0.rx_abs_int_delay=0
    dev.em.0.tx_abs_int_delay=0

    (2) 無線網路
    x61 搭配的是 Intel 3945 abg (另外還有 4965 bgn)
    因為我知道 4965 那張卡還沒有 driver ,為了避免麻煩,我就買配有 3945 的。

    在 RELENG_7 當中已有這張網卡的 driver ,修改 loader.conf 加入:

    if_wpi_load="YES" #加入 if_wpi kernel module
    legal.intel_wpi.license_ack=1 #還要同意 firmware license

    之後就能成功地正確使用 3945 abg 無線網路卡

    wpi0: mem 0xdfcff000-0xdfcfffff irq 17 at device 0.0 on pci3
    wpi0: Ethernet address: 00:1c:bf:0f:a7:ad
    wpi0: [ITHREAD]
    wpi0: 11a rates: 6Mbps 9Mbps 12Mbps 18Mbps 24Mbps 36Mbps 48Mbps 54Mbps
    wpi0: 11b rates: 1Mbps 2Mbps 5.5Mbps 11Mbps
    wpi0: 11g rates: 1Mbps 2Mbps 5.5Mbps 11Mbps 6Mbps 9Mbps 12Mbps 18Mbps 24Mbps 36Mbps 48Mbps 54Mbps

    (3) 藍牙:
    add ng_ubt_load="YES" in /boot/loader.conf
    就可以抓到:
    ubt0: on uhub0

    (4) 裝記憶體的旁邊有個看起來像可以插 sim 卡的裝置,我還不知道那要怎麼用,可能是 3G/3.5G 的裝置吧


  7. 聲音部份

  8. 載入 snd_hda.ko: kldload snd_hda.ko

    /boot/loader.conf 加入:
    snd_hda_load="YES"

    就可以在 dmesg 輸出中看到:

    pcm0: mem 0xfe020000-0xfe023fff irq 17 at device 27.0 on pci0

    啟用 virtual channels
    /etc/sysctl.conf:

    hw.snd.maxautovchans=6


  9. 指紋讀卡機

  10. ugen0: on uhub0

    應該是可以動啦,裝了以下的東西:

    security/bioapi
    security/bioapitool
    security/pam_bsdbioapi
    security/bsp_upektfmess

    但是因為我用 amd64 平台,bsp_upektfmess 無法使用
    而且 bioapi 的 bbdm 執行完就 coredump 不知道為什麼...

    有興趣可以參考
    http://www.shapeshifter.se/articles/upek_touchchip_freebsd/


  11. SD 讀卡機


  12. 抓不到,但是有人有寫出 driver ,還沒有空測試。


2007/12/09

很久以前的 freebsd 桌面

freebsd

使用 zoom in/out ,沒有加後製特效,看起來蠻屌的。

2007/11/24

「枝微末節」

#1 Macaranga tanarius (血桐)
Macaranga tanarius

#2 Fagus hayatae forest (山毛櫸)

Fagus hayatae forest

2007/11/18

安靜地思考

Lamp and my monitor 退伍後曾經一段時間,就這樣地把自己放空。



去思考,到底未來的路是什麼。



很安靜地,一盞燈,看著螢幕



發呆。


發呆,似乎是最好的放空

2006/12/03

老人與小徑

2002/04/10:

一個老人,牽著車
在蔗田與蔗田之間的道路之間漫步

遠端的是即將通過的南二高屏東段
我在寒假短短待在家裡頭的十多天偶然拍攝到的景象

田野的空曠只在蔗苗初長時
趁著蔗苗還尚未遮蔽住所有的視線之時

可以在一片平坦的屏東平原上
看日出

照夕暮

身旁的小雨燕從旁俯衝向下
來個完美的迴旋

在夕陽灑滿大地一片金黃之前

聽朱頸紅鳩的深沉鼓鳴

不知當文明的怪獸逐漸侵入這個地方的時候

生命的熱忱是否走樣

答案依舊未知

2006/11/09

[攝影] 淡水夕陽





夕陽,總是百看不厭。

2006/11/08

[攝影]動、靜


說明:


山屹立
樹佇立
草靜止

風吹手晃,山動樹搖
五節芒也跟著晃動

自靜中找尋動感

水湍流
犬狂奔
風飛颺

氛圍瞬間變化
萬物皆靜止

從動中尋覓安靜

陷在動與靜的迴圈之中
* 黃昏在北插天山,本想拍芒草與山線,無奈天色已經昏暗,只好任憑手振、風吹 沒想到出乎意外,慢速快門加上手晃動,讓眼前的景色變成很有動感的一幅畫。
(original: http://www.flickr.com/photos/mutolisp/282382217/)

* 2006/07/06下午在淡水河畔,看見幾隻狗在跑,不知道在找什麼,趁亂拍了幾張, 但是底片沒裝好,重新裝完再按下快門的同時,一隻狗突然走向淺灘,任憑河水淹沒它的腳,停在能到達的河畔邊,凝視著遠方,就這樣靜止不動 我屏息並抓住這靜止的一瞬間。
(original: http://www.flickr.com/photos/mutolisp/291677991/)

常在攝影的同時,很貪心地想把動態的東西捕捉下來。
也很貪心地希望拍出靜物的動感,而我就在這兩者之間的迴圈打轉

2006/09/05

公園裡的有毒植物

虎頭蜂:「 朋友不是作假的,下次他們來亂摘,我幫你叮他們」

飛鼠:...... (在睡)

山龍眼在旁邊偷笑:「我來騙這些愚蠢的人類好了,我的果實雖然長得
很像龍眼,但是我有毒。
就讓我代替龍眼來懲罰這些小型的人類,尤其是那個叫做議員的人類。
騙他們上鉤!」

此時,邊摘山龍眼的台灣獼猴就說了:
「你有毒喔,我怎麼不知道。」邊說邊吃山龍眼,吃完了又跑去旁邊吃
香桂的果實

山豬和鼩鼱在旁邊偷笑

古柯、大麻、菸草就說了:「說到毒,我們比較毒,可是人類還不是一樣
吸食我們提煉出來的毒品吸的爽歪歪。」

飛鼠醒了,他說:「林伯沒勒驚你,幹。」原來飛鼠做了惡夢

2006/08/31

月十克豆漿

r1.1(under construction)

假有個外國人突然喝到這麼樣的一杯豆漿,認為真的是瓊漿玉液啊,就引入資本化經營黃豆田,把生產作成一套流程,並且推廣到美國、歐洲,因此豆漿逐漸變成一種新的文化,開始有人研究濃縮豆漿(nonsodojian)、引進了現在的最新科技,具有雙幫浦的豆漿機,還要美國做的才是頂極品喔,用電需要8000W,雙把手,其實成本才兩三萬,硬是了得,豆漿機賣給西方人就是十幾萬,可是豆漿機卻是台灣人最早研發出來的。另外更有一個德國人研究出一種滴濾式的簡單容器,可以簡便的過濾掉討厭的黃豆渣,自行開發了一個品牌叫做 Schlechter ,雖然豆漿傳入維也納的時間很晚,但是奧地利人更發明出加了大麥片的調味豆漿,既可充飢又可飽足豆漿老饕的胃口。2035年,台灣送給美國一株黃豆,美國就把他移植到古巴、哥斯大黎加等地大量種植,於是台灣黃豆農開始遭受到激烈的競爭,工時超長,工資低廉,沒有尊嚴。後來古巴種出來的黃豆烘焙之後具有花果的香氣,號稱 「波需」(bullshit)種黃豆,因此一舉成名,自此十年間,豆漿館開始在西方世界大流行,結合了建築、裝潢之美的豆漿館,吸引了很多文人雅士前來嚐嚐這風靡全世界的黃豆磨成的豆漿,開始有豆漿館號稱他們的店用的豆子是特別從台灣進口的,而且是在台灣屏東某家豆腐工廠所用的黃豆是一模一樣的,這個老闆還特地從義大利跑到台灣來學習更新的技術,他還會派的店員定期到台灣來琢磨技能,另一個例子則是在米蘭的一家豆漿館,店名叫做 Dojianpowa (中文意思就是豆漿泡啦),老闆非常著重煮出來濃縮豆漿上的黃豆油脂,必須是鮮黃濃密的,才能及格,最後也還有一家在弗萊堡的豆漿館,店長是個蓄有大鬍子的30出頭的青年人,他堅持豆漿館裡頭就純粹是個喝豆漿的地方,不像其他的月十克連鎖豆漿館還兼賣著小籠包、燒餅、蔥抓餅之類的可口小點心,店名取得很有深度,叫做Flora,拉丁文是「花」的意思,取自某大師的名言「我是一片葉子,但是花在那裡呢」,店長大鬍子就是這麼一個有企圖心的人,要成為那朵花,根據小弟的經驗,「花」豆漿館,燈光充足,是個討論課業的好地方。

[連鎖豆漿館篇]

月十克豆漿館,在2046年脫穎而出,轉而成為美國最大的連鎖豆漿館,主打焦糖馬農豆漿,此外並以烹煮過久的黃豆去掩蓋掉黃豆的清新亮麗面,在ptt豆漿版(Dojian),也曾經有許多人大肆抨擊月十克豆漿館的粗糙作法,後來月十克的死忠支持者就另開了月十克(Moonsk)版,月十克的總裁拉茲(Ratz),更有計畫的商業拓展豆漿市場,雖然說月十克的品質不是最好,但是卻也對於推廣美國本土的豆漿文化具有不遺餘力的貢獻。

[豆漿文化篇]

曾經有個文人是這樣說的:
「我一天沒喝到濃縮豆漿,就覺得全身無力,無法創作。」
小說家 R.M.B Funnigegopi (中譯名:”放你個狗屁”)也說,
「曾子一日三醒其身,我不只反省自己,我更三餐喝豆漿,讓我的
思路清晰,隨筆就能寫出一篇好文啊。」

近來在UC Berkely的附近開了一家叫做單戀王舍(Dalianwasser)的咖啡館,店主說他具有上等的豆漿,而且每一杯都是用心良苦,當初為了讓他的母親能嚐到品質最佳的綠山(green mountain)黃豆,就大量蒐購該種黃豆,研究新方法來烹煮豆漿,不過價錢並不便宜喔,一杯折合新台幣要 1000 元啊,竟然也有顧客為了體恤他的孝心,他的店也是hot spot,來喝他煮的豆漿的人
也是駱驛不絕。我把這個情形告訴台灣的王師父,王師父勃然大怒,操著閩南語口音說:「幹,這種人也敢出來賣豆漿!恁爸煮豆漿三十年,一大杯也只有15元。」又說:「恁爸種黃豆是最讚的品種,純種台灣Number one的台農五號黃豆,阿扁總統還有頒發全國十大優良農民給我勒,幹!」
「賣這麼貴,無天理啊,幹(註)!」

你,喝豆漿嗎?

Ref:
1. 豆漿萬歲 — 小黃豆如何改變大世界 Psilotum nudum著 男七福利社出版
2. Dojian and Nonsodojian Journal


2006/08/30

楓香楓樹傻傻分不清楚

看不懂我在寫什麼嗎?請看
http://www.libertytimes.com.tw/2006/new/aug/29/today-article1.htm
(實在是看不慣這種矯情矯文,bug 一堆的文章,難得我心情好,信手寫一篇來笑。)

2006.08.30 文。沒有圖 林祖父

一個島嶼的重要象徵,除了源自自然文化的資產、庸劣的自然知識、環境的骯髒污染、人性與劣根性的交綜錯雜,尤其道路的苦行者──行道樹,更是翠綠與堅忍。親像一群普渡眾生的仁者,日可除去城市的二氧化碳,夜則靜靜地休養生息。

關於行道樹,我在島嶼活了二十幾年,這個島嶼浸淫在瘴癘的環境,落在人謀不臧的環境中生存。 在夏天,像在火山口吹暖氣,愈吹心愈熱,使人有一種「要爆了」的感覺。台北的夏天特別悶熱,大家都在吹冷氣是其一,缺乏常識的作家也是原因,如果條條街道皆有行道樹,不僅賞心悅目,加個解說牌,叫沒常識的作家抄一下也挺有趣的。台北市到底幾條有路樹的街道,其實我也不太清楚,不過掐指一算大概可以算得出有幾種。因為我是個路癡,所以只能告訴你大概有哪幾種,但是兩隻手應該算不完,樟樹、台灣欒樹、白千層、大葉桉、印度橡膠樹、小葉欖仁、大王椰子、蒲葵、黑板樹、火焰木、阿柏勒、水黃皮,楓香,你看不是超過十種了嗎?尤其是楓香(Liquidambar formosana),我們都知道它是金縷梅科(Hamamelidaceae)的,沒學過樹木學,懶得查谷歌也不要誤導大眾啊。或許有人認為樹種太多毫無美感,可是生物多樣性就像人生百態一樣,有人穿金帶銀,有人流落街頭是一樣的道理。那都混在一起種同一種樹好了,來種刺桐好了,哪天刺桐釉小蜂大肆虐,我想馬市長一定頭很痛。因為在台北的路樹,台灣杉實在是種不起來,倒是在台大校園裡(按:實驗林應該也算「校園」吧 XD),台灣杉長得很高大,挺直高聳,在台大師生也不太知道有這種樹,更何況是他的屬名叫做 Taiwania,他們的校花是杜鵑花,是不是台灣杉不知道,但校樹絕不是小葉欖仁。(有野外已經滅絕的烏來杜鵑還有稀有的流蘇,怎麼可能輪到小葉欖仁)

幾個星期前,我回故鄉後,在屏東縣還是買不起一棟房子,所以只好住老家。家裡頭不種小葉欖仁,因為沒有屁用。還是檳榔椰子好,即使種蓮霧很辛苦,我想,我還是不會種小葉欖仁。椰子、檳榔雖然沒有小葉欖仁好看,可是畢竟是經濟命脈,畢竟我們這種窮苦人家,是沒辦法隨人家吟詩作興,看到楓香就說楓科的,人家在情感無處發洩的時候,只得寫文抒發。像我就只能苦哈哈的作工,去山上打零工的時候,還得看老天臉色,每木調查做到一半就下大雨,只能說:「幹,今天才做一個樣區就給我下雨」。然後落漠地下山。

三月在烏來信賢探訪,國有林沒辦法讓我退休之後買下來,所以只得作罷。老天喜歡種樹,山裡滿是高大的喬木,樟科有大葉楠、紅楠、香楠,茶科有薄葉柃木、細枝柃木、森式楊桐,最賭爛的冬青科和灰木,還有一堆殼斗科,青剛礫、長尾栲、烏來柯,雖然我殼斗科也很弱。

這些原生在台灣的樹種,蓊蓊鬱鬱的覆蓋這個島嶼,保衛著島嶼的森林們,總是令我魂牽夢縈。不管是做實驗還是做苦工,只要下大雨,雨水從我眼瞼流過,讓我滿面都是水,抬頭一望,烏皮茶還是紅楠傻傻分不清楚,真叫我情何以堪,樣區該怎麼做下去,只好下山,下次再來。樣區做不完只好隨手寫個小札,特此紀念。

2006/06/18

[微距]蘭嶼觀音座蓮

蘭嶼觀音座蓮的孢子囊堆

仔細看回脈,很明顯,另外和觀音座蓮的區別是小葉的葉柄(蘭嶼的比較明顯而大,觀音座蓮則幾乎看不到小葉葉柄)
在標本館後面拍的,蚊子超級凶狠。